JAR-файлы и APK-файлы для Android-устройств отличаются по назначению и структуре.

JAR (архив Java) — формат файла пакета, предназначенный для распространения Java-приложения на его платформе. 1 JAR содержит скомпилированные файлы классов Java и ещё несколько файлов, таких как MANIFEST. 1 По сути, это просто ZIP-архив с некоторыми ограничениями. 1

APK (пакет приложений для Android) — формат файла, предназначенный для распространения приложений Android на своей платформе. 1 APK содержит весь скомпонованный программный код, а также ресурсы, активы, сертификаты и файл манифеста. 2 Файлы APK имеют заранее определённую структуру, например, всегда должны содержать файл с именем AndroidManifest.xml. 1

Таким образом, JAR-файлы предназначены для распространения приложений, написанных на Java, а APK-файлы — для распространения приложений, разработанных специально для платформы Android.