Основное отличие команд system prune и container prune в Docker заключается в том, что они выполняют разные задачи:

• system prune удаляет все неиспользуемые контейнеры, а также ненужные сети, образы и тома. 12 По умолчанию удаляет только данные без тегов, но можно настроить её так, чтобы из системы были удалены все неиспользуемые элементы. 1
• container prune удаляет все остановленные контейнеры и освобождает пространство на диске, которое они занимали. 12 Это более конкретная команда по сравнению с system prune, которая удаляет ещё и сети, образы и тома, кроме контейнеров. 2

Таким образом, system prune выполняет общую очистку системы, а container prune — удаление конкретных контейнеров. 2