FAT16 отличается от других файловых систем Windows, например FAT32 и NTFS, следующими особенностями:

• FAT16 имеет ограниченные возможности по размеру тома (логического диска). 5 Для поддержания совместимости с MS-DOS, Windows 95 и Windows 98 объём тома под FAT16 не должен превышать 2 Гбайт. 1 Максимальный размер файлов в системе ограничивается 4 Гбайт. 2
• FAT32 поддерживает тома объёмом до 127 Гбайт. 1 При этом если при использовании FAT16 с 2-гигабайтными дисками требовался кластер размером в 32 Кбайт, то в FAT32 кластер размером в 4 Кбайт подходит для дисков объёмом от 512 Мбайт до 8 Гбайт. 1
• NTFS обеспечивает улучшенную защиту данных к аппаратным сбоям. 2 Система NTFS имеет средства разграничения доступа к файлам и каталогам, а также поддерживает шифрование файлов. 2

Таким образом, основное отличие FAT16 от FAT32 и NTFS заключается в разных возможностях по объёму и структуре дискового пространства.