Основные различия между «ага» и «угу» в контексте коммуникации:

• «Ага» выражает согласие, подтверждение, а также может иметь дополнительное эмоциональное значение — злорадство, торжество, замешательство. 1
• «Угу» выражает согласие, подтверждение, часто неохотное, сдержанное или раздражённое. 1 Обычно его говорят, когда тема разговора неинтересна и нужно хоть что-то сказать. 1

Кроме того, «угу» может быть завершающей репликой в вопросно-ответной форме коммуникации и означать «принял информацию, спасибо, ответ получен». 2

Также «угу» может использоваться, чтобы подчеркнуть свою заинтересованность и дать сигнал собеседнику, что его слушают. 2