Разница между региональным и муниципальным государственным контролем заключается в уровне власти, в рамках полномочий которого осуществляется контроль: 16

1. Региональный государственный контроль осуществляется в рамках полномочий субъекта Российской Федерации по предметам совместного ведения Российской Федерации и субъектов РФ, а также по предметам ведения субъекта РФ. 16
2. Муниципальный контроль осуществляется в рамках полномочий органов местного самоуправления по решению вопросов местного значения. 16