В чем отличие между обычным дубликатом сертификата и заново выданным от УЦ?

Возможно, имелись в виду различия между дубликатом сертификата электронной подписи и новым сертификатом, выданным удостоверяющим центром (УЦ).

Дубликат сертификата не отличается от оригинала. ca.kontur.ru astral.ru Он имеет такой же номер и срок действия. ca.kontur.ru astral.ru Дубликат можно сделать, например, в случае потери токена, на котором хранится электронная подпись. ca.kontur.ru

Новый сертификат, выданный УЦ, может иметь особенности, например, сертификат от ФНС нельзя копировать и делать дубликат для сотрудников. 59-kontur.ru Такой сертификат можно получить только при личном визите в УЦ налоговой и её представителей. 59-kontur.ru

Ещё есть информация, что не все ключи электронной подписи можно копировать. ca.kontur.ru Некоторые системы и ведомства запрещают это делать, например, ФНС и ЕГАИС. ca.kontur.ru Владельцу таких ключей в случае их удаления или потери придётся идти за новыми. ca.kontur.ru