Некоторые гарантии, которые предоставляются аудиторам счётной палаты при исполнении своих обязанностей:

• Профессиональная независимость. 14 Аудиторы самостоятельно решают все вопросы организации деятельности возглавляемых ими направлений и несут ответственность за её результаты. 1
• Невозможность быть задержанным, арестованным или привлечённым к уголовной ответственности без согласия той палаты Федерального Собрания Российской Федерации, которая назначила на должность в счётную палату. 24 Уголовное дело в отношении аудиторов может быть возбуждено только Генеральным прокурором Российской Федерации. 2
• Досрочное освобождение от должности решением той палаты Федерального Собрания Российской Федерации, которая назначила аудитора, в случае нарушения им законодательства, совершения злоупотреблений по службе либо систематического неисполнения или ненадлежащего исполнения служебных обязанностей. 35