Некоторые основные проблемы в микрокапсуляции:

• Невозможность использовать одну и ту же технологию для всех материалов ядра. 1 К ним нужно подходить с осторожностью. 1
• Неполная или прерывистая плёнка. 1
• Реакция между ядром и материалом покрытия. 1
• Нестабильность срока годности чувствительных препаратов. 1
• Высокая стоимость производства и нестабильные характеристики высвобождения покрытого продукта. 1
• Нежелательное вымывание и неразлагаемость обычно используемых полимеров. 34
• Ограниченный ассортимент подходящих для использования в пищевой промышленности материалов для encapsulation. 2
• Влияние изменений окружающей среды (например, при обработке продуктов) на стабильность капсул. 2
• Высокая энергоёмкость производства микрокапсул. 34