В природе Proteus vulgaris обитает в разных средах, среди которых: кишечник многих видов позвоночных и беспозвоночных животных, почва, сточные воды и разлагающиеся органические остатки. 3

Также бактерии этого вида встречаются в морской и пресной воде. 1 Например, у атлантической скумбрии Proteus vulgaris был обнаружен в жабрах, коже и кишечнике. 1