С точки зрения ботаники различия между косточковыми и семечковыми плодами заключаются в следующем:

Косточковые плоды (вишня, черешня, слива, абрикосы, персики) односемянные, их сочная мякоть скрывает семя-косточку (ядро в твёрдой деревянистой оболочке). 2

Семечковые плоды (яблоки, груши, айва и другие) многосемянные, состоят из кожицы и плодовой мякоти, внутри которой имеется пятигнёздная камера с семенами. 5

Некоторые другие различия:

• Начало плодоношения: косточковые породы начинают плодоносить раньше семечковых, но срок жизни у них короче. 2
• Периодичность плодоношения: семечковые культуры отличаются выраженной периодичностью плодоношения. 2
• Площадь питания: семечковые культуры требуют большей площади питания, чем косточковые. 2
• Корневая система: косточковые породы имеют поверхностную корневую систему. 2
• Предпочтение почвам: косточковые породы предпочитают почвы с рН 6,5–7,5, при рН<5 они замедляют развитие, подмерзают, гораздо хуже плодоносят. 2
• Уровень грунтовых вод: косточковые породы требуют, чтобы уровень грунтовых вод был не выше 1,5–2 м. 2