Преимущества витальной микроскопии перед обычной световой микроскопией заключаются в следующем:

• Возможность изучать живые клетки в естественной среде. 1 Это позволяет исследовать поведение клеток in vivo, а не в клеточной культуре. 1
• Возможность наблюдать изменения в живой ткани организма с течением времени. 1 Это полезно для многих областей исследований, например иммунологии и исследований стволовых клеток. 1
• Возможность проводить субклеточную визуализацию у живых животных. 1 Это даёт возможность изучать клеточную биологию на молекулярном уровне in vivo. 1
• Возможность демонстрировать результаты исследования в четырёх измерениях: высота, ширина, глубина и время. 2

Кроме того, витальная микроскопия позволяет визуализировать клеточную динамику в контексте их микроокружения и создавать 3D-модели клеточных взаимодействий. 1