Некоторые преимущества атомно-силового микроскопа (АСМ) перед другими методами исследования поверхности:

• Получение трёхмерного изображения поверхности. 1 В отличие от световых, электронных и звуковых микроскопов, АСМ даёт записанное в цифровой форме трёхмерное изображение объекта. 1
• Возможность исследовать механические свойства поверхности. 2 АСМ позволяет изучать не только морфологию структуры, но и её механические свойства на сверхмалых масштабах измерения. 2
• Работа с живыми клетками. 1 АСМ позволяет работать с более щадящими для биологических образцов методами пробоподготовки. 1
• Работа в разных средах. 34 Большинство режимов АСМ могут работать на окружающем воздухе или даже в жидкой среде, что позволяет изучать биологические макромолекулы и даже живые организмы. 34
• Отсутствие специальной обработки образца. 3 АСМ не требует специальной обработки, которая могла бы необратимо изменить или повредить образец. 3