Основные преимущества атомно-силового микроскопа (АСМ) по сравнению с другими типами микроскопов:

• Возможность получить истинно трёхмерный рельеф поверхности. 17 В отличие от растрового электронного микроскопа (РЭМ), который даёт псевдотрёхмерное изображение поверхности образца. 1
• Возможность исследовать непроводящие поверхности. 1 В отличие от сканирующей электронной микроскопии, на поверхность диэлектриков не требуется наносить проводящее покрытие. 6
• Возможность работы на воздухе или даже в жидкости. 17 Это открывает возможность изучения биомакромолекул и живых клеток. 1

Некоторые недостатки АСМ:

• Небольшой размер поля сканирования. 14 Максимальный перепад высот составляет несколько микрон, а максимальное поле сканирования в лучшем случае порядка 150×150 микрон². 1
• Низкая скорость сканирования поверхности. 7 Для получения АСМ-скана, как правило, требуется несколько минут. 1
• Искажения изображений. 14 Они могут возникать из-за нелинейности, гистерезиса и ползучести пьезокерамики сканера. 4