Основные различия между функциональными и структурными моделями заключаются в том, что они отражают разные аспекты объекта:

• Функциональные модели предназначены для отображения физических или информационных процессов, протекающих в технологических системах при их функционировании. 1 Они представляют собой систему уравнений, описывающих фазовые переменные, внутренние и внешние параметры системы. 1 Внутренняя структура системы в таких моделях не отображается и не исследуется. 1
• Структурные модели отражают внутреннюю организацию объекта: его составные части, внутренние параметры, их связи с входом и выходом. 1 Они позволяют наглядно изобразить элементы систем и процессов, а также взаимосвязи между ними. 1 Структурные модели имеют форму таблиц, матриц и графов. 2

Таким образом, функциональные модели рассматривают только внешний момент системы, а структурные — её внутреннюю структуру. 1