Некоторые основные различия между аминоацил-тРНК-синтетазами классов I и II:

• Механизм распознавания АТФ. 1 Класс I связывается посредством взаимодействий, опосредованных основными водородными связями, класс II использует пару остатков аргинина для создания солевых мостиков к своему АТФ-лиганду. 1
• Зависимость от магния. 1 Синтетазы класса II содержат два или (чаще) три Mg2+-иона, в то время как классу I требуется только один Mg2+-ион. 1
• Способ связывания акцепторной ветви тРНК. 2 Для класса I (кроме TyrRS и TrpRS) характерны взаимодействие с акцепторным стеблем со стороны его малой бороздки и шпилькоподобная структура 3'-концевого тетрануклеотида тРНК, а для II-го класса (а также TyrRS и TrpRS) — связывание акцепторного стебля со стороны его большой бороздки и вытянутая конформация 3'-конца. 2
• Структура участков связывания аминокислот. 2 В синтетазах класса II участки связывания аминокислот хорошо структурированы, тогда как для класса I характерны более открытые неупорядоченные полости. 2