Основные различия между фанерозойским и докембрийским эонами заключаются в следующем:

• Фанерозой начался с появлением на границе кембрия множества видов моллюсков и других организмов, позволяющих палеонтологам расчленять толщи по находкам ископаемой флоры и фауны. 13 Докембрий охватывает первые 4 миллиарда лет истории Земли, в это время существовали только мягкотелые организмы, не оставляющие следов в осадочных породах. 13
• Фанерозойский эон начался примерно 570 миллионов лет назад и идёт по сей день. 2 Докембрий охватывает первые геологические породы, доступные для изучения, их возраст около 3,5 миллиардов лет. 2
• В докембрийских отложениях отсутствует скелетная фауна, которая служит основой для построения шкалы времени в фанерозое. 2 Тем не менее органических остатков здесь достаточно много. 2