Основные отличия между автономными и бюджетными образовательными учреждениями:

1. Бюджетные учреждения более жёстко связаны с соответствующим уровнем бюджета. 1 В отличие от автономных, они не вправе открывать счета в кредитных организациях, подлежат обязательной аудиторской проверке и обязаны ежегодно публиковать отчёты о своей деятельности. 1
2. Бюджетное учреждение отвечает по своим обязательствам только в объёме денежных средств, находящихся в его распоряжении. 1 Автономное учреждение отвечает всем своим имуществом, за исключением недвижимого и особо ценного движимого имущества, закреплённого за ним либо приобретённого за счёт средств собственника. 13
3. Бюджетное учреждение не вправе отчуждать либо иным способом распоряжаться имуществом. 1 Автономное учреждение без согласия учредителя не вправе распоряжаться недвижимым и особо ценным движимым имуществом, закреплённым за ним или приобретённым за счёт выделенных средств. 4 Остальным имуществом, в том числе недвижимым, автономное учреждение вправе распоряжаться самостоятельно. 4
4. За деятельностью автономного учреждения предполагается не только государственный, но и общественный контроль. 1 При каждом таком учреждении создан наблюдательный совет, который даёт разрешение на крупные сделки и сделки с недвижимостью. 2