Ключевые различия между Петербургской и Московской фонологическими школами заключаются в следующем:

1. Определение фонемы. 2 В Петербургской фонологической школе в фонему объединяются звуки, которые в акустическом или артикуляционном отношении похожи и выполняют смыслоразличительную функцию. 2 В Московской фонологической школе при определении фонемного состава языка исходят из морфологических критериев: фонема определяется в составе морфемы по сильной позиции. 2
2. Состав фонем. 3 Согласно Петербургской фонологической школе, в русском языке 43 фонемы. 1 Московская фонологическая школа не выделяет фонему [ы], считая её равной фонеме [и]; также не различаются твёрдые и мягкие варианты фонем [к], [г] и [х]. В таком случае получается 39 фонем. 1
3. Трактовка сложных звуков. 1 Московская фонологическая школа рассматривает их как самостоятельные особые фонемы, ссылаясь на то, что они не могут быть расчленены на два кратких мягких звука. 1 Представители Петербургской фонологической школы отказываются видеть в них особого рода фонемы, указывая на незначительную фонологическую активность таких сложных звучаний. 1