В чем заключаются ключевые различия между пептидной дактилоскопией и тандемной масс-спектрометрией при исследовании белков?

Некоторые ключевые различия между пептидной дактилоскопией и тандемной масс-спектрометрией при исследовании белков:

Подход к анализу:

• Пептидная дактилоскопия предполагает сравнение картины молекулярных масс пептидов исследуемого белка с пептидными картами белков из баз данных. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru Для этого используют специальные программы, например MOWSE. ru.wikipedia.org
• Тандемная масс-спектрометрия (MS/MS) позволяет идентифицировать аминокислотную последовательность пептида из сложной смеси для детального анализа. www.jove.com В этом методе используют два масс-анализатора, размещённых последовательно и разделённых коллизионной ячейкой. www.jove.com

Процесс фрагментации:

• При пептидной дактилоскопии белки расщепляют на пептиды с помощью трипсина перед установкой образцов в масс-спектрометр. ru.wikipedia.org {9-host}
• В тандемной масс-спектрометрии фрагментацию белков на фрагменты осуществляют в самом масс-спектрометре, например, при помощи столкновения с молекулами инертных газов. ru.wikipedia.org ru.ruwiki.ru

Возможность идентификации белков:

• Пептидная дактилоскопия требует выделенного белка, так как большинство алгоритмов метода предполагают, что пептиды происходят из одного белка. {7-host}
• Тандемная масс-спектрометрия в большинстве случаев позволяет идентифицировать белки без их предварительного разделения (за исключением анализа очень сложных смесей). {10-host}

Таким образом, пептидная дактилоскопия ориентирована на анализ расщеплённых белков, а тандемная масс-спектрометрия позволяет работать с более широким спектром белков, включая те, которые находятся в неразделённой смеси. {6-host} {10-host}