Ключевые различия между трансдукцией, конъюгацией и трансформацией как механизмами горизонтального переноса генов заключаются в способе транспортировки ДНК. 8

Трансдукция — перенос генетического материала от одной бактерии к другой с помощью вирусов (бактериофагов). 34 При формировании вирусных частиц фаг захватывает часть хозяйской ДНК и при заражении других клеток может передать им чужие гены. 2

Конъюгация — передача генетического материала от одной бактериальной клетки к другой через специальные структуры, называемые пили. 3 При этом передаётся не только сам ген, но и регуляторные последовательности, необходимые для его экспрессии. 3 Конъюгация позволяет передавать наибольшее количество генетической информации из всех процессов горизонтального переноса генов. 6

Трансформация — процесс, при котором свободно плавающая ДНК из окружающей среды поглощается бактериальной клеткой и интегрируется в её геном. 3 Чтобы быть способной к трансформации, клетка должна войти в так называемое состояние компетентности. 710 Некоторые бактерии могут поглощать ДНК из разнообразных источников, а другие, например Haemophilus, могут поглощать только ДНК клеток своего вида. 710