Ключевые отличия генеалогического синтеза от равновесного заключаются в следующих особенностях:

1. В равновесном синтезе значимую роль играет энергетическая ценность, а механизмы реакций являются второстепенными. 1 Структура продуктов даже отдалённо не напоминает структуру исходных веществ. 3
2. В генеалогическом синтезе полученный продукт имеет сходное строение с реагентами, механизмы реакции не относятся к второстепенным, а продукты либо должны быть энергетически выгодными по отношению к реагентам, либо проявлять свойства метастабильных веществ. 1

Таким образом, при равновесном синтезе акцент делается на энергетической ценности, в то время как при генеалогическом — на сходстве полученного продукта со строением реагентов и важности механизмов реакций. 13