Основные отличия натурфилософии от естественных наук заключались в следующем:

• Натурфилософия — преимущественно философско-умозрительное истолкование природы, рассматриваемой в её целостности и опирающееся на некоторые естественнонаучные понятия. 4 Естественные науки — сфера человеческой деятельности, функцией которой является выработка и теоретическая систематизация объективных знаний о действительности. 6
• Натурфилософия стремилась заменить отсутствующие факты и неразвитые ещё естественные науки, вводя для объяснения явлений природы разные «силы» или разные физические вещества. 4 Естественные науки описывают, объясняют и предсказывают процессы и явления действительности, составляющие предмет их изучения на основе открываемых ими законов. 6
• Натурфилософия в противовес естественным наукам не аналитична, а синтетична и стремится постичь всеобщее в природных телах и процессах. 1 Естественные науки аналитичны и заключают от феномена к основаниям, от действий к причинам. 1
• Натурфилософия рассматривает природу в её целостности как органическое, развивающееся целое, в то время как естественные науки изучают отдельные объекты и явления природы, абстрагируясь от влияния человеческой деятельности на объект исследования и от времени, в которое вплетены изучаемые природные процессы. 1