Уникальная структура транспортно-матричной РНК (тмРНК) у бактерий заключается в том, что она сочетает свойства тРНК и мРНК и включает в себя домены, структурно и функционально близкие к этим молекулам. 12
Некоторые особенности структуры тмРНК:
- Крупность тРНК почти в пять раз. 1 Концевые участки молекулы образуют структуру, похожую на акцепторный стебель тРНК. 1
- Наличие мРНК-подобного домена в центральной части молекулы. 1 В нём располагается открытая рамка считывания, кодирующая пептид из 10–27 аминокислот и заканчивающаяся стоп-кодоном. 1
- Наличие псевдоузлов. 1 С 5'-конца к мРНК-подобному домену прилегает последовательность, формирующая псевдоузел, а с 3'-конца — ещё три псевдоузла. 1 Они играют важную роль во взаимодействии молекулы с рибосомой и факторами трансляции. 1
- Возможность круговых пермутаций. 1 В некоторых случаях фрагмент гена тмРНК, кодирующего одну из двух функциональных частей тмРНК, повёрнут в обратную сторону, из-за чего тмРНК складывается из двух отдельных фрагментов. 1
В тмРНК также есть шпилечная структура, образованная комплементарными участками РНК, которая позволяет ей попадать в рибосому. 3