Отличие терминологической системы и понятийного аппарата заключается в их природе и назначении:

1. Терминологическая система — это иерархически структурированная совокупность терминов конкретной области знаний, сознательно формируемая на основе одной теории или концепции. 2 Её структура отражает логические связи между понятиями узкоспециальной сферы деятельности или знаний. 2
2. Понятийный аппарат — это совокупность взаимосвязанных, согласованных и соподчинённых понятий, составляющих основу теории и необходимых для исследования предметной области, для генерирования, трансляции, интерпретации и хранения научного знания. 13

Таким образом, терминологическая система фокусируется на терминах и их взаимосвязях в определённой области, в то время как понятийный аппарат представляет собой систему общих терминов, отражающих взаимосвязи в проекте и получаемые результаты. 6