Метод окрашивания бактерий по Цилю-Нильсену заключается в следующем: 14

1. На фиксированный мазок помещают фильтровальную бумагу и наливают фуксин Циля. 2
2. Затем нагревают горелку до момента появления паров и дают предметному стеклу остыть — эту процедуру нужно повторить 2–3 раза. 2 Обычно нагревание длится в течение 3–5 минут. 2
3. После остывания нанесённого препарата фильтровальную бумагу снимают и сливают краситель, а затем промывают препарат водой. 2
4. Препарат опускают в стакан с 5% серной кислотой на 1–2 секунды. 2
5. Препарат хорошо промывают водой. 2
6. Покрашивают препарат щелочным метиленовым синим в течение 3–5 минут. 2
7. Промывают водой и высушивают. 2

Принцип метода состоит в том, что при одновременном воздействии нагрева и сильного протравливающего вещества — фенола (карболовой кислоты), на котором готовится основное красящее вещество фуксин, облегчается проникновение анилинового красителя в микробную клетку и, особенно, в структуры её клеточной стенки. 3

В результате кислотоустойчивые бактерии не обесцвечиваются и имеют красный цвет, а некислотоустойчивые бактерии окрашиваются в голубой цвет посредством метиленового синего. 2