Роль последовательности CRISPR в системе CRISPR-Cas9 заключается в том, что она направляет нуклеазу Cas для создания сайт-специфичных надрезов в чужеродной ДНК. 3

При попадании в бактерию вирусных частиц (бактериофагов) с помощью системы CRISPR-Cas происходит разрезание вирусной ДНК, небольшие кусочки которой сохраняются в геноме бактерии в специальных областях — спейсерах — и предназначены для распознавания и защиты при повторном инфицировании. 3

Также последовательность CRISPR позволяет системе CRISPR-Cas9 различать последовательности собственных локусов CRISPR и вирусной ДНК, чтобы не допустить разрушения собственной ДНК. 1