Разница между командами targetincludedirectories и include_directories в CMake заключается в области применения: 15

• include_directories влияет на область каталога. 1 Все директории заголовков, указанные этой командой, будут применяться для всех целей текущего CMakeLists.txt, а также для обрабатываемых подпроектов. 1
• targetincludedirectories влияет лишь на указанную первым аргументом цель, а на другие цели никакого воздействия не оказывается. 1

Таким образом, includedirectories используется для добавления глобальных каталогов, которые необходимы всем (или, по крайней мере, нескольким) целевым объектам, а targetinclude_directories — для добавления отдельных путей, которые необходимы конкретной цели. 2