Основные отличия между командной строкой CMake и графическим интерфейсом cmake-gui:

1. Командная строка позволяет выполнять сборку из неё, независимо от используемого генератора. 1 Например, с её помощью можно указать файл для заполнения начального кэша с помощью опции -C. 2
2. Графический интерфейс cmake-gui предоставляет интерактивный способ настройки переменных кэша. 1 Для использования нужно запустить cmake-gui, заполнить пути к исходным и бинарным папкам, затем нажать «Конфигурировать». 1

Кроме того, cmake-gui помогает генерировать файлы сборки приложения для различных сред, используемых на платформе Windows. 3 Также эта утилита позволяет присвоить значения некоторым переменным CMake, которые сам пакет определить не смог или «не уверен» в их правильности. 3