Разница между ста и тысячей при образовании множественного числа заключается в том, что у числительного «сто» нет формы множественного числа, а у «тысячи» она есть. 1
Склонение слова «тысяча» во множественном числе: тысячи (Именительный падеж множественного числа), тысяч (Родительный падеж множественного числа), тысячам (Дательный падеж множественного числа), тысячи (Винительный падеж множественного числа), тысячами (Творительный падеж множественного числа), (о) тысячах (Предложный падеж множественного числа). 1
В то время как числительное «сто» имеет только две формы: сто (именительный и винительный падежи) и ста (во всех остальных падежах). 24