В чем разница между словами недоучивать и недоуметь?

Разница между словами «недоучивать» и «недоуметь» заключается в значении.

Слово «недоучивать» означает «учить не полностью, не до конца». ru.wiktionary.org sinonim.org Это глагол несовершенного вида, переходный. ru.wiktionary.org

Слово «недоуметь», по определению из «Толкового словаря живого великорусского языка» В. И. Даля, означает «не постигать умом, не понимать», «не знать, что делать, как быть», «сомневаться», «быть озадаченным», «не решаться», «колебаться», «стать в тупик». azbyka.ru

Таким образом, первое слово связано с обучением, а второе — с состоянием мысли.