Разница между муниципальными и автономными образовательными учреждениями заключается в их статусе и особенностях деятельности:

1. Муниципальные образовательные учреждения находятся в ведении и на финансировании муниципальных властей. 3 Финансирование осуществляется за счёт средств региональных и муниципальных бюджетов, а также определённым образом за счёт государственного бюджета. 3 Муниципальные образовательные учреждения наделены правом привлечения дополнительного финансирования на коммерческой основе. 3
2. Автономные образовательные учреждения — это некоммерческие организации, созданные Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием. 14 Они обладают большей свободой в вопросах распоряжения имуществом и осуществления своей уставной деятельности. 4 Автономные учреждения самостоятельно распоряжаются заработанными средствами и имуществом, могут зарабатывать и привлекать дополнительные средства для развития учреждения, привлекать кредитные средства. 4 На определённых условиях и в соответствии с законом они вправе оказывать платные услуги. 4