Разница между протонефридиями и метанефридиями заключается в их строении и функциях:

1. Протонефридии — более примитивные органы выделения, представляют собой систему разветвлённых трубочек, замкнутых на внутренних концах терминальными клетками и открывающихся наружу выделительными порами. 17 Они характерны для плоских червей, коловраток, брюхоресничных, немертин и некоторых видов многощетинковых червей. 1
2. Метанефридии — парные органы выделения, наблюдающиеся у многих типов беспозвоночных, таких как кольчатые черви, членистоногие и моллюски. 17 Они состоят из реснитчатой воронки, открывающейся в полость тела (целом) и связанной с каналом, который может быть снабжённым железами, складчатым или расширенным (пузырчатым) и который обычно открывается во внешнюю среду. 17