Разница между файлами конфигурации .properties и .yaml в Spring Boot заключается в следующем:
Кроме того, YAML позволяет указать несколько профилей в одном файле конфигурации, тогда как при использовании файла .properties может потребоваться файл конфигурации для каждого профиля. 1
Если эти два файла будут храниться в одной и той же папке конфигурации, файл .properties будет иметь приоритет над файлом .yaml. 1