Разница между приставками in- и un- при образовании антонимов заключается в их использовании:

• Приставка in- используется для образования слов с противоположным значением или для выражения отрицания. 5 Например: visible (видимый) — invisible (невидимый), complete (полный) — incomplete (неполный). 1
• Приставка un- служит для образования новых слов в английском языке, тогда как использование in- ограничено теми словами, которые уже существуют. 2 Например: happy (счастливый) — unhappy (несчастный), comfortable (удобный) — uncomfortable (неудобный). 1

Также существует негласное правило, что к словам германского происхождения чаще добавляется un-, а к словам латинского происхождения — in-. 23