Разница между понятиями «биотоп» и «экотоп» заключается в следующем:

1. Биотоп — это относительно однородный по абиотическим факторам среды участок геопространства (суши или водоёма), занятый определённым биоценозом. 48 Это условия среды, видоизменённые живыми организмами. 59
2. Экотоп — это первичный комплекс факторов окружающей среды без воздействия живых организмов. 59 Определённая территория или акватория со всем набором и особенностями почв, грунтов, микроклимата и других факторов в неизменённом организмами виде. 2 Примерами экотопа могут служить наносные грунты, новообразовавшиеся вулканические или коралловые острова, вырытые человеком карьеры и другие заново образовавшиеся территории. 2