Различие между экотопом и биотопом заключается в том, что экотоп — это первичный комплекс факторов физико-географической среды без участия живых существ, а биотоп — это условия среды, видоизменённые живыми организмами. 4

Экотоп — это определённая территория или акватория со всем набором и особенностями почв, грунтов, микроклимата и других факторов в неизменённом организмами виде. 1 Примерами экотопа могут служить наносные грунты, новообразовавшиеся вулканические или коралловые острова, вырытые человеком карьеры и другие заново образовавшиеся территории. 1

Биотоп — это участок территории, однородный по условиям жизни для определённых видов растений или животных, или же для формирования определённого биоценоза. 1 Например, участок, занятый лесом, представляет собой биотоп, ведь грунт, в котором находятся корневые системы растений и обитают низшие животные, является результатом деятельности живых организмов. 4