В чем разница между отрицанием факта и опровержением гипотезы?

Возможно, имелись в виду понятия «опровержение» и «гипотеза».

Опровержение — логическая операция, которая устанавливает ложность или сомнительность какого-либо тезиса. dic.academic.ru Один из способов опровержения —  «опровержение фактом»: например, достаточно показать одного альбиноса, чтобы опровергнуть утверждение о том, что альбиносы не существуют. kartaslov.ru

Гипотеза — научное предположение, которое выдвигают, чтобы объяснить или сделать заключение о правдивости или ложности факта, явления или процесса. www.internauka.org Гипотеза — предположение, достоверность или ошибочность которого ещё не доказана. www.internauka.org

Таким образом, разница между отрицанием факта и опровержением гипотезы в том, что первое связано с отрицанием конкретного утверждения, а второе — с критикой научного предположения.