Разница между организацией нуклеоида прокариот и эукариот заключается в следующем:

• У прокариот нуклеоид находится в цитоплазме и обычно крепится в одном месте к мембране клетки. 4 Генетический материал представлен кольцевой молекулой ДНК, которая не ограничена мембранами. 3
• У эукариот хромосомы находятся в ядре. 4 Генетический материал заключён в нескольких линейных двухцепочных молекулах ДНК, прикреплённых изнутри к мембране клеточного ядра и образующих комплекс с белками-гистонами, называемый хроматином. 3

Кроме того, нуклеоид прокариот не содержит гистонов, а форму ему придают связанные с ним молекулы РНК. 4