Разница между «ниоткуда» и «неоткуда» в современном русском языке заключается в их значении:

• «Неоткуда» указывает на невозможность возникновения чего-либо, отсутствие источника. 4 Например, «неоткуда взяться» или «неоткуда появиться». 4
• «Ниоткуда» означает «ни из какого места», «ни с какой стороны». 4 Например, «ниоткуда нет вестей» или «ниоткуда не дует ветер». 4

Также слова отличаются постановкой ударения: в слове «неоткуда» оно падает на первый слог, в слове «ниоткуда» — на третий. 1

Таким образом, «неоткуда» говорит о том, что нет такого места, откуда бы что-то появилось, а «ниоткуда» — о полном отрицании любого места или направления. 14