Разница между «на протяжении» и «в течение» в русском языке заключается в их значении:

• «На протяжении» употребляется при указании на временной отрезок, полностью занятый каким-либо действием, или событие, во всё время осуществления которого что-либо происходит. 1 Например: «На протяжении многих лет мы работали с ним бок о бок». 1
• «В течение» — предлог, который обозначает временной промежуток. 24 К нему обязательно присоединяется существительное в родительном падеже — «в течение (чего?) секунды, минуты, часа, года, жизни и так далее». 2 Например: «Яйца вкрутую варят (как долго?) в течение 7–10 минут». 2

Таким образом, «на протяжении» используется для обозначения временного отрезка, а «в течение» — для обозначения конкретного временного промежутка.