Разница между морфемой и синтаксической единицей в русском языке заключается в их природе и уровне языковой системы:

1. Морфема — это минимальная смысловая единица языка, не делимая на более мелкие единицы, сохраняющие значение. 1 Она относится к морфологическому уровню языковой системы. 1
2. Синтаксическая единица — это единица синтаксического уровня, к которой относятся словосочетания и предложения. 1 Словосочетание состоит из двух или более слов, объединённых грамматическими и семантическими отношениями. 1 Предложение выражает завершённую мысль и состоит из одного или нескольких слов. 1

Таким образом, морфема — это часть слова, а синтаксическая единица — это единица синтаксиса, которая изучает строение словосочетаний и предложений и взаимодействие их частей между собой. 34