Разница между монофилией, парафилией и полифилией заключается в следующем:

1. Монофилия — происхождение всех представителей таксона от одного общего предка, когда данный таксон включает в себя всех потомков соответствующего общего предка. 7
2. Парафилия — группа, включающая лишь часть потомков общего предка. 2 Парафилетическая группа получается из монофилетической путём изъятия из состава последней одной или нескольких монофилетических подгрупп. 6
3. Полифилия — происхождение таксона от разных предков. 2 Полифилетической в биологической систематике называют группу, в отношении которой считается доказанным более близкое родство составляющих её подгрупп с другими группами, не входящими в данную. 2 Её выделение обычно основано на поверхностном сходстве, возникшем конвергентно или параллельно. 2