В чем разница между луком и чесноком на молекулярном уровне?

Возможно, имелись в виду различия в химическом составе лука и чеснока. Некоторые из них:

• Лук содержит 8–14% сахаров (фруктоза, сахароза, мальтоза, полисахарид инулин), белки (1,5–2%), витамины (аскорбиновая кислота), флавоноид кверцетин, ферменты, сапонины, минеральные соли калия, фосфора, железа и другие вещества, фитонциды. ru.wikipedia.org
• Чеснок отличается большим содержанием сухих веществ (35–42%), азотистых веществ (до 8%), сахаров и эфирных масел. otvet.mail.ru В нём есть ценные для человека аминокислоты, в том числе много лизина. bigenc.ru В золе чеснока насчитано 17 химических элементов: соли фосфора, кальция, меди, йода, титана, серы. bigenc.ru

Ещё есть информация о различиях в образовании ароматических соединений: чеснок образует в основном тиосульфинатный аллицин, а лук — широкий спектр нестабильных соединений, которые имеют различную структуру и вызывают разные восприятия запаха. universityagro.ru

Химический состав чеснока и лука зависит от сорта, сроков посадки и уборки, почвенно-климатических условий, условий хранения, состава внесённых удобрений. bigenc.ru