Разница между критерием Манна-Уитни и критерием Краскела-Уоллиса заключается в области применения и количестве сравниваемых выборок:
  - Критерий Манна-Уитни (U-критерий) используется для сравнения двух независимых выборок по уровню какого-либо признака, измеренного количественно.                                                                          spravochnick.ru                                                                                               ru.ruwiki.ru                       Критерий подходит для малых выборок, в каждой из которых должно быть не менее 3 значений признака.                                                                          spravochnick.ru                       
  - Критерий Краскела-Уоллиса применяется для сравнения трёх и более независимых выборок по количественному или порядковому признаку.                                                                          habr.com                                                                                               nitforyou.com                       
  
 Таким образом, критерий Манна-Уитни предназначен для работы с двумя выборками, а критерий Краскела-Уоллиса — с несколькими.