Разница между копированием с помощью -R и -r в Linux заключается в том, что опция -R используется для копирования каталогов, включая все их файлы и подкаталоги, а -r — для рекурсивного копирования каталогов. 15

При этом опция -R соответствует стандарту POSIX, и её указание может повлечь за собой неожиданные последствия, если очередной копируемый объект является чем-то отличным от обычного файла или директории (например, символической ссылкой, fifo или сокетом). 3 В таких случаях некоторые реализации cp просто копируют содержимое ссылки, тогда как при -R такие объекты пересоздаются заново. 3

Таким образом, при копировании каталогов всегда нужно использовать опцию -R, а -r применяется для рекурсивного копирования каталогов. 2