Разница между конструкциями «если не… то» и «если… то» заключается в их значении:

• Конструкции «если не… то» используются в сложносочинённых предложениях и выражают градационные отношения. 1 Например: «Если не солнце светит, то дождь идёт». 1
• Конструкции «если… то» применяются в сложноподчинённых предложениях с условными придаточными. 1 Первая часть союза относится к придаточной части, а вторая — к главной. 1 Например: «Если разрыв воли и разума является тяжкой драмой жизни индивидуума, — в жизни народа этот разрыв — трагедия». 2

Таким образом, основное различие заключается в том, что первая конструкция используется в сложносочинённых предложениях, а вторая — в сложноподчинённых с условными придаточными.