Разница между конформационными и линейными эпитопами заключается в структуре: 14

• Линейные эпитопы построены непрерывной последовательностью аминокислотных остатков в составе полипептидной цепи. 4 Встречаются как на поверхности, так и внутри белковой молекулы. 4
• Конформационные эпитопы построены из аминокислот, локализованных в разных частях полипептидной цепи, но стерически приближённых друг к другу. 4 Находятся только на поверхности белков. 4

При этом терминология условна, поскольку конформационные характеристики важны для связывания с антителами в обоих случаях. 1

Также есть информация, что в нативных белках наиболее часто встречаются конформационные эпитопы, а в денатурированных белках — линейные. 2