Разница между использованием Maven Assembly Plugin и Manual Approach при создании исполняемых JAR заключается в следующем:

1. Maven Assembly Plugin позволяет объединять выходные данные проекта вместе с зависимостями, модулями, документацией и другими файлами в единый пакет. 14 При этом плагин автоматически скопирует все необходимые зависимости в файл JAR. 1
2. Manual Approach предполагает ручную настройку, при которой нужно предоставить информацию о главном классе и добавить classpath со всеми зависимостями (папка libs/). 14 Однако зависимости в этом случае будут находиться вне финального файла JAR, поэтому он будет работать только, если папка libs будет доступна и видима для JAR-файла. 1

Таким образом, основное преимущество Maven Assembly Plugin в том, что зависимости хранятся внутри JAR-файла, а при Manual Approach они находятся вне его, и JAR будет работать только, если папка libs будет доступна и видима для него. 14