Разница между функциональными и межфункциональными блок-схемами заключается в их назначении и структуре:

1. Функциональная блок-схема описывает функции и взаимосвязи системы. 9 Она показывает функциональные последовательности и пути прохождения сигналов. 9
2. Межфункциональная блок-схема даёт возможность установить, кто выполняет то или иное действие, к какому функциональному отделу принадлежат исполнители. 10 Для этого диаграмма разделяется на вертикальные или горизонтальные части, которые представляют различные подразделения организации. 14 Символ в определённой части находится под контролем этого организационного подразделения. 1

Таким образом, функциональная блок-схема фокусируется на самом процессе и его функциональных аспектах, а межфункциональная — на распределении ответственности за выполнение действий и ответственности каждого подразделения организации за различные части единого процесса. 110