Разница между фразовыми глаголами make и make up заключается в их значениях:

• Make дословно переводится как «делать» (обычно подразумевается процесс создания чего-то руками). 1 В сочетании с разными предлогами, которые следуют за ним, этот глагол приобретает десятки разных значений. 1
• Make up может означать:
• придумывать, выдумывать; 12
• создавать; 1
• накладывать косметику; 1
• мириться, улаживать, возобновлять отношения; 35
• составлять (группу, команду), подготавливать что-то или кого-то, застилать постель. 35

Таким образом, основное различие между этими фразовыми глаголами в том, что make обозначает общее действие «делать», а make up — конкретные действия, связанные с придумыванием, созданием, нанесением косметики и примирением.